據祖師爺信仰可分「昭應系統」三峽長福巖、泰山清水巖，景美萬慶巖。「落鼻系統」艋舺清水巖、淡水清水巖等祖師廟，號稱臺北五大祖師廟，而大台北地區也是清水祖師信仰最盛之地。
清水祖師，法號普足，俗名陳昭應（一說為陳榮祖、陳昭或陳應，1045年－1101年），本籍福建永春小姑鄉，是北宋時代福建泉州安溪的高僧。由於在安溪清水巖修道，被尊稱為清水祖師。民間俗稱「祖師公」或「祖師爺」。
圓寂後，原屬於佛教禪宗的清水祖師，逐漸道教化，普世化最後被安溪人視為地方最重要的保護神祇。古時安溪人以種茶為業，再加上清水祖師以求雨聞名，也被視為安溪地方的茶葉保護神。此外，許多安溪人信奉的神祇，如保儀尊王、清水祖師、法主公都被視為有保護茶葉種植的職能。
在淡水地區則是初為平息瘟疫，後來因為中法戰爭，淡水諸神明因護衛國土有功，皇帝賜匾因而身價不凡，祖師爺也是如此。
祖師信奉緣起：
相傳清道光咸豐年間，安溪清水巖僧，恭請清水祖師神像，渡海來滬尾港化緣，寓居庄仔內士紳翁姓宅邸。之後僧侶回福建，留其神像與翁氏家族。未幾疫癘四起，舉境惶然，翁種玉同弟瑞玉乃議諸鄉民，備神輿迎駕繞境四處，而疫癘遂息。鄉民感念神惠，參拜日眾，翁種玉乃移神像於東興街所營「濟生」號商店內（今中正路114號），供鄉民祈拜祭祀。
昭和七年(1932)，經李文珪、許丙、高桃仁、張覺先、陳有生、雷俊臣等出力勸募，鄉民或獻地獻物，或捐資鳩公，在原信奉蕭府王爺、西秦王爺廟址動工興廟。1936年完工。
附祀神明有地藏王菩薩、保生大帝、蕭府王爺、西秦王爺、太歲星君和文昌帝 君。
西秦王爺：北管樂團祀奉神明。
蕭府王爺：原淡水碼頭苦力、挑夫之守護神。另外中正路晉德宮也是。
