本宮之創建年代難考，約為清乾隆年間(初建簡陋房屋)。
根據《淡水廳志》上的記載與廟中石作的落款年代，可以確知其興建年代為清嘉慶元年（1796年）。但連橫在《臺灣通史》中謂：「福佑宮在縣轄滬尾街，乾隆間建，祀天上聖母。」應意指乾隆年間已建有簡陋草間祀奉媽祖，至嘉慶元年才建成正式的廟宇。
在清乾隆年間，昔日渡台來滬尾移民之共同信仰中心。而後有七縣份（銀同、晉江、清溪、武榮、螺陽及永定）擔祀費襄贊祭典活動，迄今仍有六縣份（永定除外）及市場商家傳承習慣，遺風猶存。
歷史沿革：
嘉慶初(1796～1797)滬尾街及附近之商民，合力集資改築，精心之營造，而成日後恢宏之殿宇，嘉慶十二年(1807)、道光十九年(1839)、道光二十年(1840)、道光二十五年(1845) 、道光二十七年(1847)、及昭和八年(1933)曾有多次之修繕，但仍保留原有之風格，而且保存古物甚多。原廟宇前無建物，船隻可直接靠岸，日治時期建菜市場，2011年拆菜市場，改為廣場。
祀神明：
媽祖 、水仙尊王
